Juan Carlos Heredia piłkarską karierę rozpoczął w Rosario Central w 1940. Z Rosario spadł z pierwszej ligi w 1941, by rok później do niej powrócić. W latach 1943-1944 był zawodnikiem stołecznego San Lorenzo de Almagro. W lidze argentyńskiej rozegrał 109 spotkań, w których zdobył 10 bramek. Potem występował jeszcze w Universitario Córdoba i Talleres Córdoba.
W reprezentacji Argentyny Heredia występował w latach 1940-1942. W reprezentacji zadebiutował 18 lipca1940 w przegranym 0-3 meczu w Copa Héctor Rivadavia Gómez z Urugwajem. W 1942 uczestniczył w Mistrzostwach Ameryki Południowej, na których Argentyna zajęła drugie miejsce. Na turnieju w Urugwaju wystąpił w pięciu meczach z Brazylią, Ekwadorem, Peru (bramka), Chile i Urugwajem, który był jego ostatnim meczem w reprezentacji. Ogółem w reprezentacji wystąpił w 6 meczach, w których zdobył bramkę.